Subi-Werkstatt wird da wohl die Hände heben, die haben glaube ich kein nötiges Feingefühl für so ein Vorhaben.
Also von Hardwareseite sollte es fast kein Problem sein, Länge Antriebswelle könnte verschieden sein vom Automat zum MT. Aber wie du schon richtig erkannt hast, die Elektronik dürfte einen gehörigen Strich durch die Rechnung machen, vor allem bei CAN-Bus Modellen ein schwieriges Vorhaben. Habe schon vieles gemachte bzw. machen lassen am Subi, aber AT zu MT wäre mir zu heiss - sehr zu heiss...

Abgesehen davon würde ich nicht auf ein normales 6MT wechseln, wenn dann mit DCCD und somit hecklasitger Verteilung, sonst verschlechterst du dich bzgl Allradantriebs und hättest wenig Freude.
Eine Option die 5EAT "aufleben" zu lassen wäre ein Abstimmung bei z.B. Edward von xtremeracingtuning, kostet nicht viel, bewart dich aber vor mgl hohem finaziellen Einsatz ohne Aussicht auf Erfolg.