Beim Wechsel auf das 6-MT könnte es sein, dass Du ein neues Heck-Diff brauchst. Auch der ganze Kempel, wie Antriebswellen, etc. wird vermutlich nicht passen. Letzlich kommt noch die Tachoanzeige hinzu, die vermutlich nicht stimmen wird, weil der Geber im Getriebe sitzt.
Wenn ich einen WRX hätte, der auf 6-MT umgebaut werden soll, würde ich schauen, wie viel ich für den bekomme bei einem Verkauf und wie viel ich drauf legen muss für einen vergleichbaren STI. Wird vermutlich günstiger so und dann ist alles wenigstens original. Allerdings hast Du das Problem, dass dein Getriebe oder Diff im Eimer ist. Oft ist im Getriebe nur ein einziges Zahnrad kaputt, was sich noch einigermaßen günstig reparieren lässt.