Ich habe noch kein Fahrzeug erlebt, wo das Kuppeln selber im Hydrostrang solche Geräusche verursacht hätte. Fühlen wirst du das nicht wirklich, sowas dämpft sich durch die Flüssigkeit. Ich würde vielleicht zuerst mal versuchen, die Kupplung zu entlüften, als Sofortmassnahme, sofern möglich.
Allerdings, kann es auch sein, das der Stössel ruckartig einfährt, sowas kann auch ein Geräusch verursachen, wenn du sagst, es ist immer nur beim auskuppeln. Da könnte auch nur der Zylinder"schwergängig" sein, aber schwer zu sagen. Ansonsten, was Motor aus betrifft, dazu kann ich nix mehr sagen, es ist ohnehin nur Spekulation, was ich schreibe, und nur meine persönliche Erfahrung.
Mein Rat: Fahr in die Werkstatt deines Vertrauens und lass ihn genau ansehen. Meistens kommt da noch was anders zum Vorschein.